Nel 1608 Gio Luca Chiavari donò ai Frati Cappuccini un terreno attiguo al suo palazzo (che fu poi radicalmente ristrutturato e ampliato dal nipote Gio Luca Durazzo nel 1678) e al Castello Cinquecentesco. Verso la fine dello stesso anno Padre Tommaso da Genova iniziò la fabbrica del convento e i lavori terminarono il 19 febbraio del 1611.
La sua costruzione fu voluta dalla gente del luogo e dalle autorità civili del tempo, ammirati dalla dedizione e dal servizio prestato dai Frati agli ammalati colpiti dalla peste.
Nel 1633 Mons. Gio Vincenzo Spinola, vescovo di Brugnato, consacrò la Chiesa a San Francesco d’Assisi; nel 1665 nella chiesa venne eretta la cappella di S. Felice e al convento vennero aggiunte alcune celle.
La presenza dei Frati Cappuccini proseguì parallelamente alla vita marinara del borgo e dei suoi abitanti fino a quando, nel 1810, durante la dominazione francese, Napoleone Bonaparte decretò la soppressione degli ordini religiosi e la confisca degli stabili.
Nel 1811 il cardinale Giovanni Battista Spinola mise sotto la sua giurisdizione la chiesa e successivamente alla caduta di Napoleone, espletate le varie pratiche, il governo piemontese accolse l’istanza del Consiglio amministrativo della città e il convento venne riaperto il 4 ottobre 1822.
Nel 1855 venne promulgata una nuova legge di soppressione degli ordini religiosi e nel 1860 il governo ordinò ai Frati di lasciare il convento. Intervenne però in loro aiuto il Principe Centurione che, acquistati dal Demanio chiesa e convento, ne concesse ai Frati l’uso perpetuo.
All’inizio del secolo scorso i Frati assunsero la cura spirituale dell’Ospedale cittadino e anche oggi (che l’Ospedale non c’è più) continuano questo apostolato fra gli ammalati e gestiscono una mensa per i poveri.
L’opera più significativa fra quelle conservate nella Chiesa dei Cappuccini è la statua della Madonna col Bambino, un capolavoro del XII secolo (1180 -1190), conosciuta anche come la “Madonna della seggiola”. Non ci sono notizie circa l’originaria ubicazione della scultura, né del momento in cui essa è giunta al Convento di Santa Margherita Ligure.
Sino al 1952 l’opera era collocata all’aperto entro una nicchia del muro di clausura al lato del piazzale della Chiesa. Purtroppo si devono a questa precedente collocazione i danni rilevabili sulla sua superficie.
(La Chiesa dei Cappuccini è uno dei luoghi del Civico Museo delle Tradizioni Marinare di Santa Margherita Ligure)